안녕하세요, 감명세무회계 대표세무사 주명섭입니다.
세무조사 대응 업무의 시작은 사전통지서의 수령부터 시작이 됩니다. 통지서를 받은 날 걸려오는 전화는 대부분 비슷한 질문으로 시작합니다.
"왜 하필 우리 회사입니까? 뭘 문제 삼으려는 걸까요? 지금 뭘 해야 합니까?"
그리고 그 불안한 며칠 동안, 선의로 한 행동이 조사를 더 어렵게 만드는 경우를 여러 번 보았습니다. 회계법인과 세무법인 근무시절부터 지금까지 조사 현장에서 대표님들과 함께 겪은 일을 바탕으로, 통지서를 받은 순간부터 결과통지까지 순서대로 정리해 드리겠습니다.
1. 통지서부터 제대로 읽으셔야 합니다
당황하시면 통지서를 끝까지 읽지 않고 전화부터 하십니다. 하지만 통지서에는 생각보다 많은 정보가 들어 있습니다.
① 언제 시작하는가 2025년부터는 원칙적으로 조사 개시 20일 전까지 사전통지를 하도록 기간이 늘었습니다. 이 20일이 준비 기간입니다. 반대로 사전통지 없이 조사관이 사무실에 찾아와 자료를 확보하는 경우도 있습니다. 이런 비정기 조사는 이미 조사가 시작된 상태로 보고 즉시 대응 체계를 갖추셔야 합니다.
② 무엇을, 얼마 동안 보는가 조사대상 세목, 과세기간, 조사기간이 적혀 있습니다. 법인세 통합조사인지, 특정 세목(예: 증여세)만 보는 조사인지에 따라 준비할 자료와 대응 인원이 완전히 달라집니다.
③ 어디서 나왔는가 일선 세무서인지 지방국세청인지, 어느 조사 부서인지도 중요합니다. 부서마다 주로 다루는 사건의 규모와 성격이 다르기 때문에, 조사 강도와 초점을 가늠하는 첫 단서가 됩니다.
한 대표님은 증여세를 신고한 지 한 달도 안 되어 지방국세청 조사 통지를 받고 크게 걱정하셨습니다. 저는 "빨리 나왔다는 것 자체가 신고에 하자가 있다는 뜻은 아닙니다"라고 먼저 말씀드렸습니다. 신고 금액이 크면 우선 검토 대상이 되는 경우가 많고, 쟁점은 결국 평가액의 적정성 하나로 좁혀질 것이라고 예상했습니다. 실제로 조사는 그 쟁점을 중심으로 진행되었습니다.
2. 대리인은 '인맥'이 아니라 '실무 대응력'으로 고르십시오
통지서를 받으면 "국세청 출신을 써야 하느냐"는 질문을 많이 받습니다. 제 경험상 조사 결과를 좌우하는 것은 경력의 간판보다 조사팀의 요청 의도를 읽고, 쟁점별로 논리와 자료를 준비하는 실무 능력입니다.
대리인을 선임하시면 달라지는 점이 있습니다.
- 창구 일원화: 위임장을 제출하면 조사관과의 소통 창구가 대리인으로 모입니다. 여러 임직원이 각자 조사관의 질문에 답하다 보면 말이 엇갈리고, 그 엇갈림이 새 쟁점이 됩니다.
- 출석 최소화: 앞의 증여세 조사처럼 조사 대상이 개인이면 회사 임직원이 조사에 나갈 근거가 없고, 대부분 대리인이 대응합니다. 대표님이 직접 조사관 앞에 앉는 일은 꼭 필요한 경우로 줄이는 것이 좋습니다.
- 접촉 타이밍 조절: 통지 직후 서둘러 조사관에게 연락하는 것이 늘 좋은 것은 아닙니다. 실제 착수 시점과 쟁점 파악 단계에 맞춰 접촉 시점을 조율합니다.
3. 조사 첫날과 자료 제출, 이렇게 대응합니다
첫날은 생각보다 조용합니다. 조사관들이 방문해 조사 개시 사실과 납세자권리헌장을 안내하고, 미리 요청한 기초자료를 받아 가며 회사 소개를 듣는 정도로 끝나는 경우가 많습니다. 본격적인 대응은 조사팀이 회사를 파악한 뒤 추가 자료 요청을 시작하면서부터입니다.
자료 제출에 대해서는 세 가지 원칙을 말씀드립니다.
① 원래 있어야 할 자료는 깔끔하게 내십시오. "자료를 너무 잘 정리해 주면 조사가 빨리 진행되지 않느냐"고 걱정하시는 분도 있습니다. 신고서, 조직도, 장부처럼 회사가 원래 갖고 있어야 할 자료를 일부러 흐트러뜨릴 이유는 없습니다. 오히려 기본 자료가 부실하면 회사 관리 전반에 대한 의심이 커집니다.
② 요청받은 자료는 목록으로 주고받으십시오. 무엇을 언제 제출했는지 목록과 확인 서명을 남겨두면, 나중에 "받았다, 안 받았다"는 다툼을 막고 조사 범위를 관리할 수 있습니다. 동시에 요청하지 않은 자료를 먼저 나서서 열어 보일 필요는 없습니다.
③ 숨기거나 지우려는 시도는 절대 하지 마십시오. 최근에는 전산 포렌식 인력이 조사에 함께 들어오는 경우가 늘었습니다. 자료 삭제나 은닉이 드러나는 순간, 원래 쟁점과 무관하게 조사 강도와 가산세 수위가 달라집니다. 숨기는 것이 아니라 설명하는 것이 대응입니다.
그리고 자료 요청 목록은 조사 방향을 보여주는 지도입니다. 한 법인은 공통경비 배분 자료와 함께 현장별·계약별 손익 자료를 요청받았습니다. 두 자료를 겹쳐 보면 조사팀이 계열사 간 거래를 통한 이익 이전을 의심하고 있다는 신호로 읽을 수 있었고, 그 쟁점에 맞춰 대가 산정 근거를 미리 정리했습니다.
4. 절대 하지 말아야 할 네 가지
조사 결과를 크게 나쁘게 만든 행동은 대부분 아래 네 가지 중 하나였습니다.
① 없는 서류를 지금 만드는 것
해외 설비를 수입해 설치하는 법인이 수입 계약관련 소명을 요구받았습니다. 업계 관행상 계약서 없이 견적서로 거래해 왔는데, 주변에서 "계약서를 새로 만들어 내라"는 조언을 들으셨습니다.
저는 소급해서 계약서를 만들지 마시라고 했습니다. 대신 견적서, 세금계산서, 입금 내역, 수출입 서류, 설치·시운전 기록처럼 이미 존재하는 사실로 공급 시기를 소명했습니다. 지금까지 계약서 없이 거래해 온 이력과 갑자기 나타난 계약서는 서로 모순되고, 한 번 신뢰를 잃으면 이후 모든 소명이 의심받습니다. 사실과 다른 문서는 조사를 끝내는 도구가 아니라 더 큰 문제의 시작입니다.
② 급하게 돈과 재산을 옮기는 것
조사를 앞두고 가족 명의 계좌의 돈을 미리 빼두거나 옮겨도 되느냐는 질문도 받습니다. 원래 주인에게 돌려주는 등 입금 경위 그대로 설명되는 흐름이 아니라면 권하지 않습니다. 조사나 체납 처분을 앞두고 재산을 옮기는 행위는 자금출처 의심을 키우고, 상황에 따라 강제집행면탈 같은 별도의 법적 문제로 번질 수 있습니다.
③ 쟁점을 스스로 키우는 답변
계열사 사이에서 마진 없이 거래를 통과시킨 법인이 조사를 받았습니다. 조사관이 "중간 법인은 무슨 역할을 했느냐"고 묻자, 담당자는 중간법인의 정확한 사실관계를 인지하지 못한 채 솔직하게 답한다는 생각으로 "사실상 역할이 없었다"고 말하려 했습니다.
이 한 문장이 가져올 결과는 전혀 다릅니다.
| 조사관이 받아들이는 사실 | 문제의 크기 |
|---|---|
| "역할이 없었다" | 중간 법인이 주고받은 세금계산서 전체가 사실과 다른 세금계산서로 문제될 수 있음 |
| "계약 당사자·관리 역할은 있었지만 대가가 낮았다" | 적정 대가와의 차액에 대한 부당행위계산 문제로 좁혀짐 |
실제로 그 법인은 계약 당사자로서 하도급을 관리하고 신용을 제공한 역할이 있었습니다. 그렇다면 그 역할을 자료로 입증하는 것이 사실에 맞는 답변입니다. 거짓말을 하라는 것이 아닙니다. 사실을 정확한 법적 언어로 설명해야 한다는 것입니다. 막연한 표현 하나가 세액의 자릿수를 바꿉니다.
④ 문답서·확인서에 가볍게 서명하는 것
조사관 앞에서 작성하는 문답서는 대화 기록이 아니라, 당사자가 서명·날인하는 공식 증거입니다. 문답서나 확인서상의 확인받은 사실관계는 차후 과세 근거가 됩니다.
그래서 문답이 예정되어 있다면 대리인과 상의를 반드시 해보시길 권합니다. 무엇은 인정하고, 무엇은 사실관계의 확인이 필요한지 미리 정해두는 것만으로도 결과가 달라집니다.
5. 조사는 추징세액 '0원'이 아니라 '쟁점을 좁히는 것'입니다
솔직하게 말씀드리면, 조사가 나왔는데 추징세액이 0원으로 끝나는 경우는 드뭅니다. 현실적인 목표는 다툴 쟁점과 인정할 쟁점을 나누고, 다툴 쟁점의 크기를 줄이는 것입니다.
인정할 것은 빨리 인정하는 것도 전략입니다. 여러 명의로 주식이 흩어져 있던 한 사안에서는, 사실관계상 다투어 이기기 어렵다고 판단했습니다. 그래서 명의신탁을 먼저 인정하고 증여세를 정산하는 방향으로 조기에 정리했습니다. 끝까지 다퉜다면 여러 명의수탁자가 모두 조사 대상으로 불려 나가고 자금 출처까지 들여다보는 조사로 커질 수 있었습니다. 법적으로 다툴 여지와, 다투는 과정의 사업적 비용을 함께 저울질해야 합니다.
다툴 것은 법령으로 다툽니다. 이런 논리는 언제 어떻게 꺼내느냐도 중요합니다. 이미 정리된 다른 쟁점이 다시 불붙지 않도록 순서와 수위를 조절했습니다.
6. 결과통지를 받은 뒤에도 할 일이 있습니다
- 과세전적부심사: 세무조사 결과통지를 받은 날부터 30일 이내에 청구할 수 있습니다. 고지서가 나가기 전에 다툴 수 있는 마지막 기회이므로, 합의되지 않은 쟁점이 남아 있다면 이 기간을 반드시 검토하셔야 합니다.
- 조기결정신청: 결과를 받아들이고 빨리 고지해 달라는 신청입니다. 가산세 성격의 이자 부담이 조금 줄 수 있지만 사실상 세액을 인정하는 선택입니다. 한 사안에서는 줄어드는 금액이 매우 작아 신청하지 않았습니다. 다툴 쟁점이 남아 있다면 신중하셔야 합니다.
- 분납·납부기한 연장: 세액 확정은 조사부서가 하지만, 분납이나 납부기한 연장은 관할 세무서 징수 부서 소관입니다. 자금 사정이 어렵다면 조사 종결 전부터 미리 상의해 두는 것이 좋습니다.
7. 가장 좋은 대응은 통지서가 오기 전에 합니다
조사 대응을 해 오며 가장 많이 한 생각은 "이 자료가 거래 당시에 준비되어 있었다면"이었습니다.
- 관계사 거래: 계열사 사이 용역·공통경비의 대가를 어떤 기준으로 정했는지, 거래할 때 문서로 남겨두십시오.
- 임원 보수와 퇴직금: 정관과 지급규정을 미리 정비해 두십시오. 조사에서 거의 빠지지 않고 요청되는 자료입니다.
- 주식 이동: 증여·양도·자기주식 취득의 목적과 평가 근거를 그때그때 보관해 두십시오.
- 사전 진단: 매출이 빠르게 늘거나 큰 자본거래를 앞둔 법인이라면, 세무진단 컨설팅으로 신고 내용을 한 번 점검받아 보시는 것이 비용 대비 효과가 가장 큽니다.
마치며
세무조사는 두려운 일이지만, 대부분의 조사는 통지서에 적힌 쟁점과 조사팀이 요청하는 자료 안에서 결론이 납니다. 결과를 가르는 것은 불안한 20일 동안 무엇을 하고, 무엇을 하지 않았느냐입니다.
오늘 내용을 네 줄로 정리하겠습니다.
- 통지서의 세목·기간·조사 부서에서 조사 방향을 먼저 읽습니다.
- 창구를 대리인으로 모으고, 요청 자료는 목록으로 관리합니다.
- 서류 소급 작성, 재산 이동, 쟁점을 키우는 답변, 가벼운 서명은 하지 않습니다.
- 인정할 것과 다툴 것을 나누고, 다툴 것은 법령과 사실로 좁힙니다.
통지서를 받으셨거나 조사가 걱정되는 거래가 있으시다면, 혼자 판단하시기 전에 먼저 상의해 주십시오.